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新生儿病区成立于二十世纪60年代，是全市最早成立的一个新生儿病区，因此对新生儿疾病的诊治有丰富的临床经验。
整个病区分为重症监护抢救室、早产儿室、隔离室和普通室。新生儿科有一批高素质的医护人员，有全国负 患者有盛名新生儿专家如杜洪蓉主任，还有许多新生儿专科的主任医师、付主任医师和主治医师，以及有丰富经验的主管护师和护师等。
在新生儿病区每天给予病儿无微不至的关怀，除了常规的医疗业务外，还每天给以沐浴，医务人员昼夜巡视和观察病情。
新生儿病区是一个独立的科室，由于新生儿的特点，病区执行严格的消毒隔离，配有专门的消毒隔离衣和进病区后换鞋等措施和制度。
新生儿病区主要收治有外院转来的一些患儿如新生儿围产期窒息，缺氧缺血性脑病，新生儿颅内出血等,还收治一些少见的代谢性疾病，对早期先天性畸形，特别是消化道畸形的诊断有丰富的临床经验。同时还收治一些常见疾病如新生儿黄疸，高胆红素血症，新生儿肺炎、新生儿腹泻病等。
除了常见的疾病有丰富的诊治经验外，对早产儿的诊治亦有丰富的临床经验。新生儿、特别是早产儿的病死率逐年下降。
二十一世纪来临，提出“母亲健康、儿童优先”，儿童是祖国的未来，而新生婴儿是儿童中呵护的重点，为了婴儿的健康，要立足于爱护婴幼儿，保护婴幼儿，使新生婴儿健康成长。 该科室的宗旨是：急病人所急，忧病人所忧。尽力为血液病患儿创造一个灿烂的明天。目前拥有床位18张，并设有层流病室。
主要收治儿童急性白血病、儿童肿瘤、各种原因引起的贫血和溶血、血小板性疾病以及出血性疾病等。平均每年收治来自全国各地血液病患儿数百例。在治疗急性淋巴细胞白血病的完全缓解率达95%以上，治愈率70%，并成功地进行了自体外周造血干细胞的移植。该科与杭州市血液研究所等多中心协作，使儿童白血病诊断和治疗走向分子水平。
学科带头人蒋慧教授、主任医师，现任中华医学会杭州分会儿科学组委员兼秘书;杭州儿科血液学组委员兼秘书。近几年来，科室共发表儿童急性白血病生存质量分析等专业论著和论文共18篇。曾荣获卫生部科学进步三等奖和杭州市科学进步二等奖；卫生局“文明班组”光荣称号。 小儿肾内科于20世纪60年代由何威逊教授创建。经过数十年发展，目前拥有多名国内外知名专家和教授，有肾穿刺室、腹膜透析室和肾脏病实验室。
肾内科于80年代初率先在国内开展小儿肾穿刺活检术。至今已成功进行了2500余例，非麻醉下婴儿肾穿刺处于国内领先。血液透析、腹膜透析和血液滤过技术处于国内先进。肾内科至今发表论文100余篇，多次获得优秀论文奖。何威逊教授曾获卫生部科技进步三等奖。
肾内科擅长各种肾小球疾病、肾小管疾病、急慢性肾功能衰竭的诊断和治疗。 杭州儿童医院呼吸科是杭州市儿科成立较早，拥有固定呼吸科病区，比较完善的小儿呼吸内科，病区住院床位40张。设专家门诊，哮喘门诊。配备有肺功能室，纤维支气管镜室，血气分析，呼吸血氧检测以及高分辨螺旋CT。近年来开展多种呼吸道病原检测，过敏原检测和纤维支气管镜检查，对于儿童呼吸道疑难病例的诊断和治疗水平有了进一步提高。具有很强临床的综合实力，有一支比较完整的老中青结合的医疗队伍，每年接受来自全国各地的大量疑难重症呼吸病患者，并接受杭州及周边地区医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。
在学科负责人全国知名的儿科呼吸病专家陆权教授指导下，开展多种临床实践和研究，在儿童呼吸道疾病的预防和治疗方面积累了大量经验，在儿童呼吸道病原菌检测，细菌耐药性的检测等方面处于国内领先水平。该科历来是该院的教学病房，目前仍是复旦大学华山临床医学院、杭州第二医科大学新华临床医学院的教学基地，2003年又成为交通大学医学院教学基地。
产科是山东省首批临床重点专科，在全省新生儿窒息复苏大赛、全市妇幼健康技能大赛中均获得第一名。在高危妊娠管理及产科能力建设等方面具有较高的水平，拥有全省规模最大的产科中心，年分娩量达1.7万例。近年来共抢救包括羊水栓塞等急危重症病人1000余例，抢救成功率100%。全省率先开展胎儿先天性心脏病筛查。同时建立了孕期营养指导中心，加强围产期保健，为孕妇提供个体化营养指导，为胎儿正常发育提供保障，将医疗安全关口前移，大大降低了高危妊娠发生率。
新生儿科（NICU）在早产、低体重儿的诊断治疗方面达到省内领先、国内一流水平。拥有先进的监护设备，技术力量雄厚，早产低出生体重儿救治水平达国内先进水平。曾成功救治最低出生体重为530克，最小孕周26周，打破当时全国抢救超低体重儿记录。针对早产儿、低出生体重儿等特殊高危儿，开展早产儿、低出生体重儿的随访工作，建立健康档案并展开追踪随访指导喂养，从而为早产儿、低出生体重儿这一特殊人群的健康成长及生命质量提供科学、系统、规范的医学指导，改善其生命质量及预后。
妇科是山东省临床重点专科。以诊治妇科常见病和疑难病为主，微创技术、妇科肿瘤及妇科内分泌疾病规范化诊治、子宫颈病变筛查与诊治为特色的临床科室。配备国内最先进的宫腔镜、腹腔镜设备、妇科内分泌实验室、国际最先进的液基细胞薄片制片系统及HPV检测系统。子宫颈疾病规范化诊治中心是卫生部十年百项PCC项目示范基地，在宫颈癌筛查，规范诊治早期宫颈癌及宫颈癌前期病变方面经验丰富，承担全市“两癌”筛查转诊工作。率先在省内开展妇科微创技术，目前妇科微创手术占所有妇科手术的 80%以上。
生殖医学科拥有辅助生殖技术资质，配有先进的仪器设备和检测手段。开展各种男、女性不孕不育症的诊治及辅助生殖医学领域的临床与科研。
妇女保健是济南市重点专业，以妇女一生全面长久健康为目标，配备有先进的彩色B超、骨密度仪、体成份分析仪、盆底功能检测仪及康复仪等设备。根据妇女生命周期的不同阶段提供个体化的保健服务，青春期保健及更年期保健技术水平处于全国领先地位。建立产后康复营养保健指导中心，为产妇提供个体化营养、指导膳食、运动等保健指导，起到了促进哺乳、恢复形体、加速康复的作用。在全省妇幼健康技能大赛中获得第一名。
儿童保健专业是济南市重点专业。拥有串联质谱仪，骨密度仪，听性脑干反应、耳声发射、声导抗，基因芯片检测仪等价值1千余万元的先进仪器设备，创新性的在全省率先开展新技术28项，探索出适合我国妇幼保健机构的新生儿疾病、听视力筛查机制并在全国推广，引领我省的新生儿遗传代谢病诊治、婴幼儿听力科学与听力保健、早产儿优化发展等专业走在全国前列。指导全市66家助产医疗机构及全省17地市妇幼保健机构规范地开展新生儿疾病筛查、诊治工作。省内首家将串联质谱技术应用于新生儿疾病筛查。开展儿童生长发育检测、营养评价、心理行为评估，儿童眼、耳及听力保健，儿童早期发展，高危儿随访，早产儿早期干预等特色服务。
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